Qué hubiera pasado si Sailor Moon hubiera sido un seinen…? Muy probablemente hubiese salido algo como esto. Dentro de lo que parece ser una simple trama de magical girls se esconde una historia de tragedia y desesperación, donde los valores de las personas se ponen a prueba en el momento menos indicado. Todo comienza cuando a Madoka Kaname -una chica de 14 años rodeada de grandes amigas y una buena familia- le ofrecen cumplir un deseo (el que sea!) a cambio de convertirse en una Puella Magi (chica mágica) que luche contra poderosas brujas que causan enfermedades, accidentes y suicidios en la gente. Con el transcurso de la trama se irán revelando las verdaderas y siniestras consecuencias de convertirse en una Puella Magi, y por qué la misteriosa chica Homura Akemi (otra Puella Magi) quiere impedir que Madoka se convierta en una.